De drie scholen binnen het Commanderij College hebben samen een Medezeggenschapsraad (MR). Deze MR is opgesplitst in deelraden bestaande uit leerlingen, medewerkers en ouders. Deze deelraad praat met de directeur, geeft advies over diverse schoolzaken en heeft instemmingsrecht. Binnen de stichting is er ook, samen met de andere scholen, een Gemeenschappelijk medezeggenschapsraad (GMR). Deze gaat over zaken die de school overstijgen.
